Las causas del retraso mental son múltiples y en muchos casos suele ser el resultado de la interacción de numerosos factores como por ejemplo, los factores genéticos que pueden interactuar con factores ambientales, prenatales, perinatales y posnatales. 
Factores genéticos
Existen muchos factores genéticos relacionados con la debilidad mental. Las aberraciones cromosómicas consisten en anomalías en la composición cromosómica. Una de las más conocidas y comunes, el síndrome de Down o mongolismo, consiste en la presencia de un grupo accesorio de genes en el cromosoma 21, de forma que el individuo tiene 47 cromosomas, uno más de lo normal. Estos niños tienen unos rasgos muy característicos: ojos inclinados oblicuamente, lengua voluminosa, boca abierta, puente nasal ancho, manos cortas y anchas y enfermedad cardíaca congénita. La mayoría de los mongoloides presentan un CI superior a 50. Se les suele describir como niños plácidos, alegres y cooperadores.
Los trastornos del metabolismo consisten en un déficit enzimático, que ocasiona lesiones o alteraciones funcionales del sistema nervioso del niño. Entre los trastornos metabólicos de las proteínas encontramos la fenilcetonuria, que resulta de la deficiencia de una enzima hepática. Su exceso actúa como una toxina, produciendo envenenamiento. El control dietético de la ingestión de fenilalanina puede invertir muchos de los síntomas, tales como hiperactividad, rabietas, deficiente control motor, eczema, convulsiones, etc. Si no se detecta en el momento del nacimiento, los resultados son catastróficos. Estos niños presentan un retraso mental profundo, son incapaces de hablar, de andar y de controlar sus evacuaciones.
El fallo en el metabolismo de los hidratos de carbono, de los aminoácidos y los trastornos del almacenamiento de lípidos producen asimismo diferentes tipos de deficiencias mentales.
Factores ambientales
Los factores ambientales que influyen en el desarrollo mental y físico de un niño pueden clasificarse en los que ocurren antes del nacimiento, los que ocurren durante el nacimiento y lo que ocurren después del nacimiento. En cada uno de estos momentos es posible evitar el nacimiento de un niño deficiente si se tienen en cuenta los posibles factores de riesgo.
Las primeras ocho semanas de embarazo son fundamentales en el desarrollo del feto en cuanto a las posibles malformaciones. El feto que no aumenta de peso adecuadamente tendrá un bajo peso al nacer y por este motivo tiene un mayor riesgo de ver afectadas sus funciones mentales. A los largo de los siete primeros años de vida se observan puntuaciones inferiores en las medidas de desarrollo mental, desarrollo del lenguaje y rendimiento académico. Las causas del bajo peso al nacer son la malnutrición de la madres, desde algunos años antes de tener al hijo, el tabaco, el alcohol, la edad de la madre, muy jóvenes o mayores de 40 años, los partos múltiples, la cantidad de partos previos de la madre, la ganancia de peso de la madre y el estrés materno continuo e intenso.
En el extremo opuesto encontramos el sobrepeso de los hijos de madres diabéticas. Los niños que sobreviven al parto pueden presentar déficit neurológico e in e intelectuales, así como problemas respiratorios, malformaciones físicas y la misma diabetes.
